An der Planung und Durchführung der unterschiedlichen Projekte des Bundesstiftung Magnus Hirschfeld (BMH), die dem Erreichen der Stiftungsziele dienen, sind die drei Gremien der Stiftung (auch Organe genannt) beteiligt: Das Kuratorium, der hauptamtliche, geschäftsführende Vorstand sowie der Fachbeirat.
Das Kuratorium fasst die wesentlichen Beschlüsse der Bundesstiftung Magnus Hirschfeld und überwacht die Arbeit des Vorstands. Es besteht aus Mitgliedern, die vom Deutschen Bundestag, von fünf Bundesministerien sowie von neun LSBTIQ*-Organisationen (Vertreter_innen der Zivilgesellschaft) gewählt beziehungsweise benannt werden. Sie sind ehrenamtlich tätig. Den Vorsitz des Kuratoriums hat in der Regel die_der amtierende Bundesjustizminister_in inne. Der Zustimmung des Kuratoriums bedürfen insbesondere Entscheidungen über die Grundzüge des Forschungs- und Bildungsprogramms, die Vergabe der Stiftungsmittel für Forschungsaufträge und Bildungsarbeit, die Vermögensverwaltung sowie wichtige Haushalts- und Personalangelegenheiten.
Der Vorstand der Stiftung besteht aus einer natürlichen Person. Sie_Er führt die Geschäfte der Stiftung, soweit sie nicht dem Kuratorium zugewiesen sind. Der Vorstand ist hauptamtlich für die Stiftung tätig. Eine Amtszeit beträgt fünf Jahre.
Der Fachbeirat besteht hauptsächlich aus Wissenschaftler_innen und Bildungsexpert_innen, die sich auf einem oder mehreren Fachgebieten mit Bezug zu den Stiftungszwecken einen Namen gemacht haben. Sie werden vom Kuratorium für die Amtszeit von vier Jahren gewählt und sind wie das Kuratorium ehrenamtlich tätig. Der Beirat berät insbesondere bei der Vergabe der Stiftungsmittel, indem er Gutachten zu Förderanträgen oder Stellungnahmen im Auftrag des Kuratoriums oder des Vorstands verfasst. Zudem engagieren sich Fachbeiräte in verschiedenen Arbeitsgruppen, zum Beispiel zu „Geschichte und Erinnerung“, „Theorie und Forschung“ sowie „Politik und Gegenwart“. Die Amtszeit des Fachbeirats beträgt vier Jahre.