An der Planung und Durchführung der Projekte, die dem Erreichen der genannten Ziele dienen, sind drei Gremien (Organe) der Stiftung beteiligt: Das Kuratorium, der hauptamtliche Vorstand und sein Team in der Geschäftsstelle sowie der Fachbeirat. Den Vorsitz des Kuratoriums hat die/der amtierende Bundesjustizminister_in inne.
Das Kuratorium fasst die wesentlichen Beschlüsse der Bundesstiftung Magnus Hirschfeld und überwacht die Arbeit des Vorstands. Es besteht aus Mitgliedern, die vom Deutschen Bundestag, von fünf Bundesministerien sowie von neun LSBTIQ*-Organisationen (Vertreter_innen der Zivilgesellschaft) gewählt beziehungsweise benannt werden. Sie sind ehrenamtlich tätig. Der Zustimmung des Kuratoriums bedürfen insbesondere: Entscheidungen über die Grundzüge des Forschungs- und Bildungsprogramms; die Vergabe der Stiftungsmittel für Forschungsaufträge und Bildungsarbeit; die Vermögensverwaltung sowie wichtige Haushalts- und Personalangelegenheiten.
Der Vorstand der Stiftung besteht aus einer natürlichen Person. Sie_Er führt die Geschäfte der Stiftung, soweit sie nicht dem Kuratorium zugewiesen sind. Der Vorstand ist hauptamtlich für die Stiftung tätig. Eine Amtszeit beträgt fünf Jahre.
Der Fachbeirat besteht hauptsächlich aus Wissenschaftler_innen und Bildungsexpert_innen, die sich auf einem oder mehreren Fachgebieten mit Bezug zu den Stiftungszwecken einen Namen gemacht haben. Sie werden vom Kuratorium für die Amtszeit von vier Jahren gewählt und sind wie das Kuratorium ehrenamtlich tätig. Der Beirat berät insbesondere bei der Vergabe der Stiftungsmittel, indem er Gutachten zu Förderanträgen oder Stellungnahmen im Auftrag des Kuratoriums oder des Vorstands verfasst. Zudem engagieren sich Fachbeiräte in verschiedenen Arbeitsgruppen, zum Beispiel zu „Verfolgung und Repression“, „Zeitzeug_innen“ oder „Wissenschaftskongresse“. Die Amtszeit des Fachbeirats beträgt vier Jahre.